1MB416 · Uppsala universitet
Kunskapsbaserade system inom bioinformatik
Ny kurs
Inga tentor än
Ladda upp dina tidigare tentor och få hjälp med att strukturera ditt studiematerial
Få dina tentauppgifter kategoriseradeBli guidad genom ditt studiematerialFå hjälp direkt med teori och tipsHåll koll på dina framsteg
HP
5
Språk
Svenska
Nivå
Avancerad nivå
Fakultet
Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
Institution
Institutionen för biologisk grundutbildning
Lärandemål
- Kursen syftar till att ge förståelse för hur logik-baserade metoder kan användas för att stödja konstruktionen av kunskapsbaserade system inom livsvetenskaperna. Utgången i stora mängder data såsom t.ex. genuttrycks-, molekylära interaktions-, annotationsdata reflekterar dagens behov av effektiv datahantering . Kursen skapar en fördjupad förståelse för hur avancerade lärande system kan användas för att lösa bioinformatiska problem.
- använda och beskriva definitioner och matematisk notation för informations- och beslutssystem, samt för regelsystem
- använda andra metoder inom maskininlärning såsom klustring och beslutsträd, samt relatera dessa till generella regelbaserade metoder
- tillämpa kunskaper inom regelsystem och slumpbaserade metoder för variabelurval för att formulera och lösa klassifikationsproblem inom livsvetenskaperna
Kursinnehåll
Introduktion till booleska funktioner. Informations- och beslutsystem. Variabelselektion. Träning och validering av modeller. Statiska egenskaper hos modeller. Exempel på tillämpningar inom livsvetenskaperna inkluderar: klassificering med hjälp av uttrycksdata, prediktion av genfunktion från uttryckstidsprofiler och genomiska databaser, modellering av transkriptionsmekanismer, ligand-receptor-bindningar, drogresistens, prediktion av proteinfunktion från struktur och modellering med hjälp av kliniska och genomiska data. Ontologier. Maskininlärning: klustring, beslutsystem och regelbaserade metoder för hantering av osäkerhet och beslutsträd, randomiserad variabelselektion, statistisk modellgiltighet och signifikans.
Förutsättningar
- Alt 1. 120 hp inklusive Genomik och bioinformatik, Sannolikhet och statistik och Programmeringsteknik II. Alt 2. Introduktion till bioinformatik, Introduktion till programmering, beräkningsvetenskap och statistik och Programmering i Python. Alt 3. 30 hp matematik och 30 hp datavetenskap. Introduktion till bioinformatik och Skriptprogrammering. Alt 4. Genomgångna kurser Introduktion till bioinformatik, Programmeringsteknik I, Beräkningsvetenskap för naturvetenskapliga tillämpningar och Introduktion till statistik för livsvetenskaper. Alt 5. 25 hp matematik eller statistik och 30 hp datavetenskap. Genomgångna kurser Introduktion till bioinformatik och Introduktion till statistik för livsvetenskaper. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
Litteratur
Saknas
Liknande kurser vid andra universitet
Gör som 15 000+ studenter och ta kontroll över ditt tentaplugg.
Kom igång gratis