simulera och använda optisk mikroskopi och ljusbaserade bildtekniker
använda beräkningsverktyg för att tolka bilddata
relatera den senaste utvecklingen inom optisk mikroskopi till deras konsekvenser inom biofysik
bedöma möjligheter och begränsningar för instrumentering och mätteknik
muntligt och skriftligt diskutera och redogöra för biofotonik-begrepp i tvärvetenskapliga grupper
analysera hållbarhetsaspekter av biofotoniken och dess bidrag till ett hållbart samhälle
Kursinnehåll
Utvecklingen av ljusbaserade metoder, från första mikroskopen till lasern och dagens tillgång till högpresterande bildsensorer. Utforskning av hur ljus kan användas på olika sätt för att undersöka biologiska system i mikro-, meso- och nanoskala. Interaktion mellan ljus och materia: absorption, reflektion och transmission av ljus. Ljusaktiverande proteiner: fotosyntes och fotoreceptorer. Spektrofotometri: tillämpningar inom biokemi. Spridningsbaserade metoder. Optisk pincett och strålningstryck. Grund för fluorescens och fluorescensresonansenergiöverföring (FRET). Ljusmikroskopi och dess varianter: ljusfältmikroskopi, mörkfältsmikroskopi, faskontrastmikroskopi, differentiell interferenskontrastmikroskopi, konfokalmikroskopi. Superupplösningsmikroskopi: stimulerad emissionutsläckning (STED), stokastisk optisk rekonstruktionsmikroscopi (STORM) och fotoaktiverad lokaliseringsmikroscopi (PALM). Simuleringar och datoranalys av mikroskopidata med Python. Biofotonik för hållbar utveckling.
Förutsättningar
Alternativ 1: 120 hp. Genomgångna Programmeringsteknik I, Introduktion till statistik för livsvetenskaper och Introduktion till modern fysik. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.) Alternativ 2: 120 hp. Programmering 5 hp och genomgångna Introduktion till biokemi och Introduktion till molekylärbiologi. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.) Alternativ 3: 120 hp inom Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Cellbiologi, Programmeringsteknik I och Tillämpad fysik för molekylär bioteknik. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)