1MB447 · Uppsala universitet
Experimentella metoder i strukturbiologi
Ny kurs
Inga tentor än
Ladda upp dina tidigare tentor och få hjälp med att strukturera ditt studiematerial
Få dina tentauppgifter kategoriseradeBli guidad genom ditt studiematerialFå hjälp direkt med teori och tipsHåll koll på dina framsteg
HP
10
Språk
Engelska
Nivå
Avancerad nivå
Fakultet
Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
Institution
Institutionen för biologisk grundutbildning
Lärandemål
- Kursen ger en introduktion till metoder för strukturbestämning av biologiska makromolekyler med särskilt fokus på diffraktionsbaserade metoder.
- redogöra för grundläggande Fourier-optikteori och dess tillämpning för strukturbestämning av biologiska makromolekyler
- redogöra för grundläggande teori och begrepp för strukturbestämning med transmissionselektronmikroskopi (TEM) inklusive kryo-elektronmikroskopi
- redogöra för grundläggande metoder som används för strukturbestämning med elektronmikroskopi
- redogöra för grundläggande begrepp inom röntgenkristallografisk teori
- redogöra för grundläggande metoder som används inom makromolekylär kristallografi
- bygga modeller av makromolekyler med hjälp av elektrontäthetskartor och analysera sådana modellers möjliga fel med hjälp av olika valideringsmetoder
- kritiskt granska och utvärdera strukturer lösta med röntgenkristallografi eller kryo-elektronmikroskopi
- redogöra för förutsättningar och begränsningar för olika strukturbestämningsmetoder och för vilken information de olika metoderna ger.
Kursinnehåll
Grunder Den här kursdelen täcker grundläggande koncept och teori inom diffraktions- (m.a.p. både röntgen- och elektrondiffraktion) och Fourieroptik och ger en grund för att förstå flera av de viktigaste strukturbiologiska strukturbestämningsmetoderna (röntgendiffraktion, (kryo)-elektronmikroskopi). Koncepten och teorin utvecklas och tillämpas i senare delar av kursen. Kryo-elektronmikroskopi I den här kursdelen behandlas teori och metodik för högupplöst strukturbestämning av biologiska makromolekyler med hjälp av kryo-elektronmikroskopi. Studenterna får praktisk erfarenhet av behandling av kryo-elektronmikroskopidata hela vägen från CTF-korrigering till 3D-klassificering och förfining. Röntgenkristallografi Här utvecklas teorin for röntgenkristallografi och dess tillämpning inom moderna metoder för strukturbestämning av biologiska makromolekyler. Insamling och bearbetning av data från synkrotronbaserade röntgenljuskällor, experimentell fasvinkelbestämning, tolkning av elektrontäthetskartor, och modellering, förfining och validering av strukturmodeller kommer att behandlas. Studenterna får här även praktisk erfarenhet av samtliga väsentliga steg i en strukturbestämning. Kursdelen ger studenterna den kunskap och erfarenhet som behövs för att kritiskt granska och utvärdera strukturer lösta med röntgenkristallografi. Andra metoder I en serie föreläsningar ges en introduktion till andra komplementära metoder (t.ex. XFEL single particle imaging, seriell kristallografi, SAXS/SANS).
Förutsättningar
- 120 hp inom Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Linjär algebra och geometri I eller Algebra och geometri, Bioinformatisk strukturbiologi samt en av kurserna Elektromagnetism och vågrörelselära eller Tillämpad fysik för molekylär bioteknik. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
Liknande kurser vid andra universitet
Gör som 15 000+ studenter och ta kontroll över ditt tentaplugg.
Kom igång gratis