Fysikalisk molekylärbiologi

Lärandemål

Ett övergripande mål med kursen är att ge studenterna insikt och praktisk färdighet i hur molekylärbiologiska fenomen kan beskrivas kvantitativt med hjälp av matematiska modeller. Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• formulera och analysera kvantitativa, dynamiska modeller för biokemiska reaktionsscheman
• redogöra för fysikaliska principer som styr hastighet och noggrannhet i intracellulära enzymatiska processer
• formulera och analysera icke-linjära ordinära differentialekvationer (ODE) för att beskriva intracellulära reaktionsnätverk
• formulera och analysera masterekvationer för att modellera stokastik i system av kemiska reaktioner
• implementera och köra datorsimuleringar av både ODE-baserade och masterekvations-baserade modeller, samt beskriva resultaten och jämföra dessa med teori och experimentella resultat
• köra datorsimuleringar av reaktions-diffusions-modeller och beskriva resultaten i relation till teori och experimentella resultat