sätta samman råsekvensdata till genomsekvenser och/eller inpassa dem till existerande referensgenomsekvenser
analysera genomsekvensdata med avseende på t.ex. genuttryck, genomfunktion, genomevolution och variation inom populationer
välja samt tillämpa metoder inom jämförande genomik för att analysera och dra slutsatser om organismers biologi och evolution
välja sekvensteknologi och tillämpa existerande programvaror för givna biologiska problem inom området
kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från genomanalyser
diskutera och presentera samhälleliga, etiska och vetenskapliga aspekter av genomik.
Kursinnehåll
Kursen behandlar bioinformatik med inriktning på analys av genomsekvensdataset och innehåller följande moment och aspekter: Metoder för storskalig sekvensering och dess olika appliceringar. Sammanställning av råsekvensdata till sammansatta genom. Inpassning av råsekvensdata till existerande referensgenom. Principer för annotering av gener och annan biologisk information, annoteringssystem, problematiken kring automatisering av annoteringsprocessen. Bioinformatiska aspekter på olika angreppssätt för att studera genomets funktion, variation och evolution med storskalig sekvensering. Bioinformatiska aspekter på metagenomik.
Förutsättningar
120 hp. Genomgången Molekylär evolution, och genomgången kurs i programmering 5 hp. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)