Molekylär och statistisk mekanik

Lärandemål

• Kursen behandlar den statistiska mekanikens teori och dess tillämpningar på molekylära system samt moderna datorsimuleringsmetoder för att studera makromolekylers dynamik, interaktion och energetik.
• förklara den statistiska mekanikens grunder och koncept såsom kanoniska fördelningar, ensembler och tillståndssummor, liksom den statistiska mekaniska beskrivningen av ideala och icke-ideala gaser och enkla vätskor
• redogöra för den molekylmekaniska beskrivningen för växelverkande system, inklusive den teoretiska grunden bakom kraftfält, intramolekylära och intermolekylära interaktioner
• koppla den teoretiska grunden till dess tillämpningar i beräkningsmetoder såsom molekyldynamisk simulering, protein-ligand- och protein-protein-dockning, energioptimering, Monte Carlo samt frienergiberäkningar baserade på termodynamiska cykler
• använda datormodelleringsmetoder för att analysera biomolekylers struktur, funktion och dynamik
• kritiskt förstå och rationellt använda moderna molekylära simuleringsmetoder inom biokemi och farmakologi
• använda de ovan nämnda beräkningsteknikerna inom ramen för strukturbaserad liganddesign inom läkemedelstillämpningar, inklusive protein-ligand dockning, kemisk informationsutvinning och optimering av protein-ligand-interaktioner.