3FF276 · Uppsala universitet
Farmaceutisk bioinformatik med sekvensanalys
Ny kurs
Inga tentor än
Ladda upp dina tidigare tentor och få hjälp med att strukturera ditt studiematerial
Få dina tentauppgifter kategoriseradeBli guidad genom ditt studiematerialFå hjälp direkt med teori och tipsHåll koll på dina framsteg
HP
7.5
Språk
Svenska, Engelska, Kursen ges vid behov på engelska
Fakultet
Farmaceutiska fakulteten
Institution
Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
Lärandemål
Efter fullgjord kurs ska studenten kunna:
- beskriva bioinformatiska verktyg och metoder och förklara hur de kan användas inom läkemedelsforskning
- använda bio- och kemoinformatiska programvaror, t.ex. för sekvensanalys, expressionsanalys, och struktur-aktivitetsbaserade metoder
- konfigurera, populera och extrahera information med hjälp av relationsdatabaser och Structured Query Language (SQL)
- lokalisera relevant information i biologiska och kemiska databaser
- träna, validera och använda prediktiva modeller baserade på biokemiska data
- träna, validera och använda Deep Learning modeller med Convolutional Neural Networks baserat på mikroskopibilder
- beskriva och utföra enklare sekvensanalys
- beskriva systembiologiska frågeställningar och konstruera biologiska nätverk
Kursinnehåll
Kursen innehåller teori och metoder för bioinformatisk analys samt grunderna för hur bioinformatiska verktyg kan användas för att lösa problem inom farmaceutiskt område. Kursen innehåller introduktion och historik till farmaceutisk bioinformatik, representation av biologiska och kemiska data i datorer, biologiska och kemiska databaser. Kursen börjar med en kort och intensiv introduktion till Linux, programmering i Python, samt arbete med datorkluster. Kursen innehåller därutöver teori och metoder för analys av experimentella biologiska data, sekvensanalys, expressionsanalys, prediktiv modellering, validering av modeller, struktur-aktivitetsanalyser, Deep Learning och applikationer inom farmaceutisk bioinformatik. För storskaliga analyser kommer högpresterande datorresurser att användas.
Förutsättningar
- 150 hp varav 120 hp inom biomedicin, farmaceutisk vetenskap, kemi, läkemedelsutveckling, naturvetenskap och/eller teknik. Dessutom krävs kunskaper i engelska motsvarande Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
Litteratur
Saknas
Liknande kurser vid andra universitet
Gör som 15 000+ studenter och ta kontroll över ditt tentaplugg.
Kom igång gratis