Bioinformatik och genomanalys

Lärandemål

Efter avslutad kurs ska studenterna kunna:

• visa kunskap om hur primär biologisk information skapas av de olika storskaliga "omics"-projekten som "genomics", "proteomics", "metabolomics" och "structural genomics"
• visa förmåga att hantera, manipulera och analysera sådan primär biologisk information
• visa färdighet i att använda kunskap om hur databaser med biologisk information är uppbyggda för att självständigt genomföra databassökningar och bedöma kvalitén av sökresultaten
• visa förmåga att tillämpa teoretiska kunskaper om s.k. ”scoring”-matriser (sekvensjämförelsematriser) och algoritmer för parvis och multipla sekvensjämförelse vid användet av de vanligaste sekvensjämförelseprogrammen
• visa färdighet i att bedöma och tolka sekvensjämförelseresultat samt de fylogenetiska samband som kan fås från sekvensjämförelser
• visa förmåga att analysera stora datamängder med hjälp av kemometriska metoder
• visa förmåga att exemplifiera hur man skapar och bedömer interaktionsnätverk samt hur detta kan användas för att dra slutsatser om samband inom systembiologin
• visa färdighet i att översätta biologiska problem till algoritmer och skriva kod till datorprogram som löser dessa problem på ett bioinformatiskt sätt
• visa färdighet i att hantera, manipulera och analysera 3D-proteinstrukturer för strukturjämförelser och 3D-homologimodellering samt för att förklara hur proteinstrukturer används i samband med läkemedelsdesign
• självständigt genomföra ett bioinformatikprojekt och kritiskt bedöma kvalitén av sökresultat
• visa förmåga att exemplifiera och diskutera etiska frågor relaterade till den nya kunskap som bioinformatiken genererar