Beskriva cellulära nyckelfunktioner så som transkription, translation, signalering och proteinutsöndring.
Använda matrisnotering för att beskriva stökiometrin i metabola nätverk
Beskriva hur metabola nätverk kan rekonstitueras med hjälp av biokemisk och genomisk information
Beskriva hur genomvida metabola modeller (GEMs) kan användas för att analysera cellulär fysiologi
Beskriva begränsningarna för celltillväxt och hur biologiska och fysiska villkor kan appliceras för att modellera den.
Beskriva hur GEMs används inom forskning som berör mänskliga sjukdomar
Beskriv hur "meta-omics" data kan analyseras.
Beskriva principerna bakom RNAseq
Beskriva principerna bakom proteomics
Beskriva principerna bakom metabolomics
Ge 5 exempel på hur GEMs används inom modern biologi
Kursinnehåll
Kursen beskriver hur systembiologi påverkar medicin, bioteknologi och livsmedelsvetenskap. Kärnan i systembiologi är kvantitativ analys av cellulära funktioner. I kursen kommer alla cellulära processer att diskuteras på ett kvantitativt sätt. Kursen kommer att ge insikter angående hur metabola nätverk kan rekonstrueras från biologisk ochgenomisk information. Topologisk analys av genomvida metabola modeller (GEM) kommer att utföras och grundläggande principer inom metabola nätverk kommer att diskuteras och analyseras. Kursen kommer även att ge a kort introduktion till olika metoder för hur man genererar så kallad omics-data, t.ex. data relaterat till transkriptom, proteom och metabolom, samt hur man analyserar dessa. Slutligen så kommer kursen att presentera, med hjälp av kvantitativ data, vad som driver på och vad som begränsar cellers tillväxt. Genom hela kursen kommer vi att ge exempel på vetenskapliga studier av jäst, inom livsmedelsvetenskap samt inom medicin.
Förutsättningar
Grundläggande behörighet för avancerad nivå
Litteratur
Forskningsartiklar och annat relevant material kommer att tillhandahållas i digital form, tillsammans med presentationer och övningar. Dessa material kommer att göras tillgängliga på kurshemsidan i Canvas.